RBPWorld - a comprehensive database of RNA Binding Proteins

RBP Type	N.A.
Diseases
Drug
Main interacting RNAs
Moonlighting functions
Localizations
BulkPerturb-seq

Description

Ensembl ID	MGP_PahariEiJ_G0028698	Gene ID		Accession	-
Symbol	Ipo13	Alias	-	Full Name	importin 13
Status	Confidence	Length	31744 bases	Strand	Minus strand
Position	6 : 69031863 - 69063606	RNA binding domain	IBN_N , Xpo1
Summary	N.A.

RNA binding domains (RBDs)

Protein	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number
MGP_PahariEiJ_P0079073	IBN_N	PF03810	6.3e-09	1
MGP_PahariEiJ_P0079073	Xpo1	PF08389	5.8e-27	2
MGP_PahariEiJ_P0079071	IBN_N	PF03810	1.3e-08	1
MGP_PahariEiJ_P0079071	Xpo1	PF08389	5.3e-29	2

RNA binding proteomes (RBPomes)

Pubmed ID	Full Name	Cell	Author	Time	Doi

Literatures on RNA binding capacity

Pubmed ID	Title	Author	Time	Journal

Transcripts

Name	Transcript ID	bp	Protein	Translation ID
Ipo13-201	MGP_PahariEiJ_T0079071	5742	1476aa	MGP_PahariEiJ_P0079071"/note="transcript_id=MGP_PahariEiJ_T0079071
Ipo13-202	MGP_PahariEiJ_T0079072	556	No protein	-
Ipo13-203	MGP_PahariEiJ_T0079073	3594	963aa	MGP_PahariEiJ_P0079073"/note="transcript_id=MGP_PahariEiJ_T0079073
Ipo13-204	MGP_PahariEiJ_T0079074	402	No protein	-
Ipo13-205	MGP_PahariEiJ_T0079075	452	No protein	-
Ipo13-206	MGP_PahariEiJ_T0079076	434	No protein	-
Ipo13-207	MGP_PahariEiJ_T0079077	627	No protein	-

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source

Phenotypes

ensgID	Trait	pValue	Pubmed ID

GWAS

ensgID	SNP	Chromosome	Position	Trait	PubmedID	Or or BEAT	EFO ID

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Source				Target
Ensembl ID	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0049089	44.564	23.5737	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	42.9907	22.7414

Orthologs

Ensembl ID	Source				Target
Ensembl ID	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.8962	99.6885	mus_musculus	ENSMUSP00000035989	99.8962	99.6885
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.8962	99.6885	mus_spretus	MGP_SPRETEiJ_P0066471	99.8962	99.6885
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	96.8847	96.1578	rattus_norvegicus	ENSRNOP00000090503	94.8171	94.1057
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.8962	99.5846	mus_spicilegus	ENSMSIP00000017713	99.8962	99.5846
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	96.2617	93.1464	ornithorhynchus_anatinus	ENSOANP00000005085	96.6632	93.5349
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	100	99.7923	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0063976	100	99.7923
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	95.3271	91.9003	sarcophilus_harrisii	ENSSHAP00000008531	91.8	88.5
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	80.7892	77.6739	notamacropus_eugenii	ENSMEUP00000002590	83.2086	80
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	52.5441	52.1288	choloepus_hoffmanni	ENSCHOP00000003157	99.8028	99.0138
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.3769	98.6501	dasypus_novemcinctus	ENSDNOP00000012852	99.3769	98.6501
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	68.0166	67.1859	erinaceus_europaeus	ENSEEUP00000010673	81.9775	80.9762
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	61.5784	60.54	echinops_telfairi	ENSETEP00000014917	63.7634	62.6882
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.5846	98.9616	callithrix_jacchus	ENSCJAP00000077365	99.5846	98.9616
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.7923	99.2731	cercocebus_atys	ENSCATP00000037039	99.7923	99.2731
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.7923	99.2731	macaca_fascicularis	ENSMFAP00000019757	99.7923	99.2731
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	98.027	97.1963	macaca_mulatta	ENSMMUP00000075334	94.4	93.6
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.7923	99.2731	macaca_nemestrina	ENSMNEP00000037878	99.7923	99.2731
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.7923	99.2731	papio_anubis	ENSPANP00000043536	99.7923	99.2731
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.7923	99.2731	mandrillus_leucophaeus	ENSMLEP00000040619	99.7923	99.2731
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.7923	99.2731	gorilla_gorilla	ENSGGOP00000015984	99.7923	99.2731
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MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.7923	99.2731	pan_troglodytes	ENSPTRP00000001126	99.7923	99.2731
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	98.027	97.4039	pongo_abelii	ENSPPYP00000030338	96.1303	95.5193
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.3769	98.6501	canis_lupus_familiaris	ENSCAFP00845039159	99.3769	98.6501
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MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.3769	98.7539	ursus_americanus	ENSUAMP00000034808	99.3769	98.7539
MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	96.2617	95.3271	ailuropoda_melanoleuca	ENSAMEP00000038868	90.0875	89.2128
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MGP_PahariEiJ_G0028698	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0079073	99.4808	98.5462	panthera_leo	ENSPLOP00000010476	99.4808	98.5462
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