RBPWorld - a comprehensive database of RNA Binding Proteins

RBP Type	N.A.
Diseases
Drug
Main interacting RNAs
Moonlighting functions
Localizations
BulkPerturb-seq

Description

Ensembl ID	MGP_CAROLIEiJ_G0015372	Gene ID	110303624	Accession	-
Symbol	Sar1a	Alias	-	Full Name	secretion associated Ras related GTPase 1A
Status	Confidence	Length	13347 bases	Strand	Plus strand
Position	10 : 56185829 - 56199175	RNA binding domain	MMR_HSR1
Summary	N.A.

RNA binding domains (RBDs)

Protein	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number
MGP_CAROLIEiJ_P0023062	MMR_HSR1	PF01926	1.1e-05	1

RNA binding proteomes (RBPomes)

Pubmed ID	Full Name	Cell	Author	Time	Doi

Literatures on RNA binding capacity

Pubmed ID	Title	Author	Time	Journal

Transcripts

Name	Transcript ID	bp	Protein	Translation ID
Sar1a-201	MGP_CAROLIEiJ_T0023062	2608	198aa	MGP_CAROLIEiJ_P0023062"/note="transcript_id=MGP_CAROLIEiJ_T0023062

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source

Phenotypes

ensgID	Trait	pValue	Pubmed ID

GWAS

ensgID	SNP	Chromosome	Position	Trait	PubmedID	Or or BEAT	EFO ID

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Source				Target
Ensembl ID	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0024436	51.3089	34.0314	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	49.4949	32.8283
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MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0049046	50	30.7692	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	45.9596	28.2828
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MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0035373	17.9443	11.324	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	52.0202	32.8283
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MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0026912	59.6685	38.1215	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	54.5455	34.8485
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0018984	51.0417	31.25	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	49.4949	30.303
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0041997	44.8454	27.8351	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	43.9394	27.2727
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MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0032183	50	33	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	50.5051	33.3333
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MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0026551	97.9798	90.9091	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	97.9798	90.9091
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0020013	50	31.1828	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	46.9697	29.2929
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0035902	57.7778	40	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	52.5253	36.3636

Orthologs

Ensembl ID	Source				Target
Ensembl ID	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id	Species	Protein ID	Perc_pos	Perc_id
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	100	100	mus_musculus	ENSMUSP00000020285	100	100
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	100	100	mus_spretus	MGP_SPRETEiJ_P0024201	100	100
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	92.9293	91.9192	rattus_norvegicus	ENSRNOP00000097301	91.0891	90.099
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	100	100	mus_spicilegus	ENSMSIP00000036803	100	100
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	90.9091	88.3838	ornithorhynchus_anatinus	ENSOANP00000033709	80	77.7778
MGP_CAROLIEiJ_G0015372	mus_caroli	MGP_CAROLIEiJ_P0023062	100	100	mus_pahari	MGP_PahariEiJ_P0086229	100	100
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